Sân bay này hiện phục vụ 1,8 triệu lượt khách mỗi năm, là sân bay cấp 3 bận rộn nhất ở Nhật Bản[3], và tốc độ tăng vẫn ổn định do quần đảo Yaeyama đã trở thành một địa điểm du lịch. Tuy nhiên do đường băng ngắn nên không thể đón các máy bay lớn.

Sân bay Ishigaki mới (新石垣空港, Shin-Ishigaki Kūkō?) đang được xây ở phía đông của đảo. Sân bay Ishigaki mới sẽ có đường băng dài 2000 m, có thể kéo dài lên 2500 m. Công tác xây dựng bắt đầu năm 2006 và hoàn thành năm 2013.